在經皮腎通道建立以及碎石等操作過程中，有可能導致泌尿系統損傷以及胸膜、肝、脾、結腸等鄰近組織臟器損傷。

 (一)腎臟損傷

腎臟損傷往往在經皮腎通道建立的過程中出現，當穿刺過深、擴張力量過大或擴張方向偏離穿刺方向時均易損傷腎盂、腎盞黏膜或腎實質，甚至造成患腎貫穿傷。對于較小的損傷，術后放置輸尿管內支架管，加之腎造瘺管持續開放引流，保持腎盂內處于低壓狀態，損傷部位多能自行愈合；如發生腎盂穿孔，則應避免用大量沖洗液灌洗，立即停止手術，放置輸尿管內支架管及腎造瘺管持續開放引流，同時加強抗感染治療，留待Ⅱ期手術。在X線監視或B超引導下進行穿刺多能避免腎臟的嚴重損傷。穿刺成功后置入安全導絲，循導絲逐步擴張，旋轉推進，切勿暴力擴張。在碎石、取石過程中，建立多個通道時應盡量選擇在不同的大盞，避免通道距離過近導致相鄰通道之間的腎實質裂開。

(二)鄰近臟器損傷

在經皮腎通道建立過程中，還可能發生不常見的十二指腸、結腸、肝、脾、胰、肺及胸膜等組織臟器損傷。術前予行KUB、IVU、腎臟超聲及CT檢查有利于了解腎臟結構以及腎臟與周圍臟器的毗鄰關系。穿刺宜在B超引導或X線監視下進行。

1.胸膜、肺損傷

發生率為2.3%~3.1%。其中第12肋上穿刺時發生率可高達10%。胸膜、肺損傷主要由經皮腎穿刺引起。選擇在第12肋下穿刺，常可避免損傷胸膜或肺葉。B超引導、呼氣末穿刺可減少胸膜損傷。若懷疑通道可能經過胸膜或肺、則宜選擇較低的腎盞重新穿刺；腎上盞結石較難處理時可聯合軟性輸尿管鏡手術。一日出現胸膜損傷應立即停止手術，防止灌注液或空氣進一步進入胸腔。出現血、氣胸時，應放置胸腔閉式引流。有報道在經皮腎手術結束時行胸部透視檢查來排除胸腔積液或氣胸。

2.結腸損傷

結腸損傷是一種罕見而嚴重的經皮腎通道手術并發癥，發生率為0.2%~0.8%，左側更易發生。結腸損傷多與腎臟、結腸局部解剖異常有關。腎后性結腸患者在經皮腎通道手術中發生結腸損傷的概率顯著增加，患者結腸與腎外側緣接近，位于腎臟后外側甚至完全在腎臟正后方；同側腰/腹部手術史、消瘦(腹膜后脂肪缺乏)、巨結腸或其他引起降結腸擴張的疾病可使結腸部分位于腎后。此外，腎臟發育不良、蹄鐵腎、腎萎縮、異位腎、腎臟旋轉不良時，結腸向后并向中線移位到腎下極的后方。

結腸損傷可在術中和術后發現。術中若鏡下窺見結腸黏膜或結腸內容物，經腎鏡注入造影劑，X線透視造影劑進入結腸或腹腔，顯示出結腸征象，可以確診。結腸穿孔術后可表現為腎造瘺口或腎造瘺管溢氣或糞渣溢出、便血、腹瀉、發熱、膿毒血癥和腹膜炎體征。結腸損傷分為腹膜內型損傷和腹膜外型損傷，腹膜外損傷相對常見；前者常有腹膜炎表現，經瘺管造影或CT檢查可鑒別。結腸損傷早期診治可以減少或避免嚴重后果的發生。腹膜內型結腸損傷應盡早手術治療，采用開放手術行I期修補或結腸造口術。腹膜外型結腸損傷除非診斷延遲并出現嚴重感染等并發癥外，通常采用保守治療；術中一旦明確，首先應將結腸與腎隔離，將腎造瘺管撤出集合系統和結腸外，移至腹膜后(結腸旁)引流，囑患者禁飲、禁食、予靜脈營養及敏感抗生素治療；同時確保內引流通暢和低壓。經保守治療1~2 周后，結腸損傷多可愈合。患者保守治療期間出現腹脹、腹膜炎或膿毒血癥等表現提示保守治療失敗，須及時開放手術治療。

術前CT能了解結腸與腎臟的位置關系，優于超聲和靜脈尿路造影；術前認真閱片，術中超聲定位穿刺可以減少結腸損傷的發生率。對于高危患者術后出現原因不明的發熱、腹痛及腹膜炎體征時，要警惕結腸損傷的可能性。

3.肝臟和脾臟損傷

發生率很低，僅見個案報告。巨脾、腎后脾臟、脾臟增大時，左腎穿刺易損傷脾。除非損傷肝內大的血管，肝臟的損傷一般不需要特殊的處理；一旦出現脾損傷引發大量出血，需要急診開放手術控制出血。術前CT、B超等影像學檢查，了解局部解剖結構，術中超聲定位穿刺可以減少損傷的發生。