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柳葉刀:AI顛覆腫瘤組織病理分級體系!直接在HE全切片數(shù)字圖像上自動判讀結(jié)直腸癌患者生存風險

近日,國際四大醫(yī)學期刊之一的《柳葉刀》雜志刊登了挪威癌癥遺傳信息研究院(ICGI)

的題為:Deep Learning for Prediction of Colorectal Cancer Outcome: a Discovery and Validation Study的論文。

該研究公布了一個全新的腫瘤患者生存評估指標:DoMore-v1-CRC,可通過常規(guī)的HE病理切片,自動判斷II期和III期結(jié)直腸癌患者的生存風險。

這是病理史上人工智能首次實現(xiàn)基于全切片數(shù)字圖像(Whole Slide Image,WSI)直接判讀腫瘤患者生存風險。

DoMore-v1-CRC與現(xiàn)有的腫瘤病理分級相比,有更好的分層效果。研究發(fā)現(xiàn),DoMore-v1-CRC 可以將接近9成(獨立驗證集:88%)的患者明確劃分入“生存風險低”和“生存風險高”的組群,且兩組的生存風險差異比值(HR值)達到3.84(p<0.001)。

在傳統(tǒng)的病理分級中,高達75%的患者被劃入“中分化”,對這部分“中分化”患者DoMore-v1-CRC可以進一步風險分層,HR值達到了5.04(p<0.001)。

該技術(shù)完全基于常規(guī)的HE染色切片,通過數(shù)字掃描儀獲取全切片數(shù)字圖像,無需復雜的樣本處理和人工標注,全程無需病理醫(yī)生介入,實現(xiàn)全自動判讀,有很高的臨床實用性。同時該研究的切片制備和染色分別在挪威和英國數(shù)百個不同醫(yī)院和實驗室完成,以檢驗應(yīng)用的廣泛和適應(yīng)性。

研究調(diào)用了不同地區(qū)的6個前瞻性臨床研究隊列的樣本,共4515名II期或III期結(jié)直腸癌患者的1200萬張HE染色圖像。其中訓練集和調(diào)試集(2473例),測試集(970例)和獨立驗證集(1122例)。整個研究設(shè)計嚴謹,樣本規(guī)模大,隨訪質(zhì)量高(取自前瞻性藥物研究的隨訪記錄),并進行了大規(guī)模獨立驗證。

DoMore-v1-CRC AI模型,可直接在HE染色全切片圖像上判斷II期和III期結(jié)直腸癌患者生存風險,HR值達到3.84(P<0.001)

深度學習在DoMore-v1-CRC研究中扮演了核心角色。第一步:經(jīng)過1077張圖像的88000次迭代訓練后,首先實現(xiàn)腫瘤區(qū)域的自動圈識。第二步:為有效處理每張100,000×100,000像素的腫瘤區(qū)域圖像,研究團隊采用了多示例學習(Multi Instance Learning, MIL)。分別在10X和40X的掃描倍數(shù)下將訓練集1652張WSI的腫瘤區(qū)域分解為互不重合的11,591,635個碎片。相同掃描倍數(shù),來自同一張WSI的腫瘤圖像碎片包隨機進入5個學習網(wǎng)絡(luò)(DoMore v1 Netwok),直接以患者的生存狀況為標簽,訓練識別“顯著生存良好”和“顯著生存差”。再以同樣方法對調(diào)試集中的1645個“預后不明顯”樣本學習調(diào)整。最后每個學習網(wǎng)絡(luò)通過分類(Classification Network)

給予每張WSI一個相應(yīng)的風險評分(Ensemble score)。第三步:一張WSI在每個學習網(wǎng)絡(luò)中會得到略有不同的評分,將同一掃描倍數(shù)下的5個評分綜合得到最終的分值。這些分值在訓練集中可用于計算腫瘤生存風險高和低的cut-off值, 并在測試和驗證集里里進行驗證。

如果兩個掃描倍數(shù)下的分值都落在良好范圍,判斷患者生存風險低,如果兩個的結(jié)果不一致,則為不明確;如果都落在不好的范圍,則判斷為生存風險高。

DoMore1-v1-CRC可以將II,III期結(jié)直腸癌患者按生存風險劃分為三層,甚至五層

獨立驗證集1110例患者的結(jié)果顯示DoMore-v1-CRC可以將II期和III期結(jié)直腸癌患者按生存風險劃分為三層,單因素分析達到了HR=3.84,(P<0.001)。 多因素分析達到HR=2.71(P<0.001),進一步分析顯示,它還可以將患者劃分為5個風險層,其中最高風險層的HR=6.07(P<0.001)。

基于QUASARII 隊列1122例患者,顯示DoMore-v1-CRC中生存風險低和生存風險高的HR=3.04( p<0.001),是II,III期結(jié)直腸癌的獨立生存風險評估因子。

DoMore-v1-CRC對病理中分化(histological grade 2)患者的生存風險可以進一步分層,在測試集和驗證集中的HR分別為3.32和5.04 (p<0.001)

對傳統(tǒng)病理分級為中分化的患者,驗證集中,DoMore-v1-CRC將其中89.5%的患者明確區(qū)分為“生存風險低”或“生存風險高”,HR=5.04(P<0.001)。在臨床實踐中,將更多的患者,按生存風險的高低制定不同的治療和隨訪方案,最終達到延長生存期,提高生活質(zhì)量的目的。

DoMore-V1-CRC有望替代現(xiàn)有的病理分化評級系統(tǒng),成為客觀,定量的腫瘤患者生存風險的分級標準。研究團隊已經(jīng)著手準備一項大規(guī)模的,隨訪數(shù)年的II/III期結(jié)直腸癌前瞻性研究,驗證不同風險分層患者在不同術(shù)后輔助化療方案下的療效和生存期變化。該項研究的中國協(xié)調(diào)方為梅傲科技。

DoMore-v1-CRC研究開創(chuàng)了直接基于WSI開發(fā)新型病理診斷指標的成功案例,

為今后的AI研究提供了方向,研究團隊計劃從結(jié)直腸癌擴展到更多的癌種。這將顛覆現(xiàn)有的腫瘤診療和病理實踐。

未來只要將全切片數(shù)字圖像交給AI,對常規(guī)的病例,就能自動得到準確可靠的檢測結(jié)果,幫助臨床和病理醫(yī)生們從繁雜的日常工作中脫離出來,花更多的時間討論和研究疑難雜癥。

論文通訊作者Dr.Danielsen Havard,梅傲生物醫(yī)學顧問。目前擔任ICGI研究院主任,牛津大學和奧斯陸大學教授和全球CRC-Network主席。



論文鏈接:



https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0140673619329988


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