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第二軍醫大學發現用于治療KRAS突變大腸癌的新型PDEδ降解劑

前言

RAS蛋白調節許多細胞過程,包括細胞增殖和分化,并在人類癌癥中起因果作用。KRAS是RAS中最常見的突變亞型,在肺癌占約30%,在結直腸癌占45%,在胰腺導管癌占90%,因此,KRAS被公認為是癌癥治療靶標之一。然而,靶向KRAS的小分子都還沒有成功上市。

KRAS信號傳導的功能主要取決于其在質膜(PM)上位置。為了到達PM,KRAS通過與PDEδ的穿梭因子結合。通過這一方式,PDEδ阻止KRAS與內膜結合,從而促進KRAS在整個細胞中的擴散。隨后,KRAS通過釋放因子ARL2從PDEδ中釋放出來,并通過水泡轉運到PM。

現有的KRAS-PDEδ小分子抑制劑均存在蛋白結合活性高,但是細胞活性差的問題,其主要原因是Arl2誘導高親和力抑制劑從PDEδ的快速釋放。

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靶向蛋白水解的嵌合體(PROTAC)是一種消除致病蛋白質的新興治療策略。作者設想通過PROTAC 技術實現PDEδ的降解,從而實現KRAS-PDEδ小分子抑制劑更好的體內抗腫瘤活性。

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設計思路:

對現有PDEδ抑制劑的研究發現,化合物2的構型與PDEδ的異戊二烯結合袋相吻合,并與Arg61,Gln78和Tyr149形成了關鍵的氫鍵。其芐基暴露于溶劑區域,為E3連接酶配體束縛提供了可行的位點。泊馬度胺具有合理的類似于藥物的理化性質,并且在PROTAC中廣泛應用,因此,作者以泊馬度胺為配體,引入不同的鏈,設計了一系列小分子。

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方法和結論:

通過熒光偏振方法測定蛋白結合能力以及測定具有KRAS突變的兩種細胞活性,作者優選出了化合物17f。

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通過免疫印跡實驗,作者證明了了17f誘導PDEδ降解的作用。

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泊馬度胺作為配體通常會導致IKZF1/3降解這一副作用,作者通過免疫印跡實驗表明17f對IKZF1/3的降解作用微乎其微,證明了17f的降解選擇性良好。

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RAS蛋白能夠調節MAPK和 mTOR相關通路,作者通過WB實驗驗證了17f在KRAS突變細胞SW480上對RAS信號通路的抑制作用。

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在小鼠SW480體內異種移植瘤模型中,相比較化合物2而言,17f的抑瘤率大大提高,并且作者用免疫熒光實驗也證明小鼠體內存在PDEδ的降解。進一步藥代動力學分析表明,盡管17f和其他protec小分子一樣分子量較大,但它在大鼠中能夠被有效吸收并獲得足夠的血漿暴露量。

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參考文獻

[1] Junfei Cheng. Discovery of Novel PDE# Degraders forthe Treatment of KRAS Mutant Colorectal Cancer. J.Med. Chem. 2020(DOI: 10.1021/acs.jmedchem.0c00929


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